title-s"> “女娲”基因组资源第九篇 | 徐涛/何顺民团队构建线粒体变异及核线粒体片段图谱

发布时间:2025-11-12

  线粒体参与多种生物学过程,包括细胞凋亡、寿命调节、胞质钙缓冲、固有免疫和细胞周期。千人基因组计划1KGP和gnomAD等大规模mtDNA研究主要针对于欧洲人群,东亚人群特别是中国人群的数据仍然有限。

  2025年11月5日,中国科生物物理研究所徐涛/何顺民团队在《Genomics,Proteomics & Bioinformatics》杂志发表了题为"Mitochondrial Genome Variants and Nuclear Mitochondrial DNA Segments in 7331 Individuals from NyuWa and 1KGP"的研究论文。该研究以"女娲"基因组资源为核心,整合千人基因组1KGP,对7331个个体的线粒体变异和核线粒体片段(NUMTs)进行系统分析。首次系统描绘了中国人群NUMTs的全景图,建立了迄今最全面的中国人群mtDNA变异与NUMTs资源,为线粒体相关疾病的遗传学研究提供了重要参考。

图:线粒体数据资源及线粒体变异和NUMTs图谱概览

  该研究鉴定了7216个不同的高质量mtDNA变异,并将其分为22个宏单倍群,同时检测到1466个NUMTs。其中,88个mtDNA变异和642个NUMT是NyuWa所特有的。全基因组关联分析显示,12个mtDNA变异与199个核DNA(nDNA)变异之间存在显著相关性。NyuWa队列和1KGP队列中的所有个体均携带常见的NUMTs,五分之一的个体携带极罕见的NUMTs,这些NUMTs倾向于插入核基因区域。与1KGP队列相比,NyuWa队列中的罕见NUMTs在长散在核元件(LINEs)中表现出显著的核断点富集。

  综上,该研究为线粒体DNA相关疾病的遗传学研究,特别是东亚人群的研究提供了宝贵的参考资源。此前已建立的中国人群的综合全基因组测序资源,为该研究奠定了坚实的基础。未来整合这些数据集将有助于更全面地研究核基因组-线粒体基因组相互作用、复杂变异关联及其在疾病易感性和进展中的作用。

  中国科生物物理研究所徐涛院士、何顺民研究员为论文的共同通讯作者,生物物理研究所王园鑫和王佳佳为论文共同第一作者。何顺民研究团队的李燕燕、张鹏、王中龙、刘帅、牛仪伟、史忆戎、张斯佳、宋廷瑞等人也参与了该项研究工作。该研究得到了北京市自然科学基金、国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国博士后科学基金、中国科"十四五"信息化建设项目等经费的支持。

  文章链接:

  https://academic.oup.com/gpb/advance-article/doi/10.1093/gpbjnl/qzaf098/8315149?login=true

  院英文网报道链接:

  https://english.cas.cn/newsroom/research_news/life/202511/t20251118_1116527.shtml

(供稿:徐涛研究组,何顺民研究组)


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